Ruysch wurde in Den Haag geboren, zog aber im Alter von drei Jahren nach Amsterdam, als ihr Vater Frederik Ruysch in das Athenaeum Illustre berufen wurde. Ihre Mutter war eine Tochter des Architekten Pieter Post und eine Nichte des brasilianischen Malers Frans Post. Im Alter von fünfzehn Jahren lernte ihr Vater sie bei Willem van Aelst, einem bekannten Maler, der für seine Blumenstillleben bekannt ist. Ihre jüngere Schwester Anna wurde ebenfalls als Malerin ausgebildet.

Pater Ruysch war heute ein bekannter Anatom und Botaniker, der 1685 am Hortus Botanicus Amsterdam ernannt wurde. Er war berühmt für sein Wissen über die Vorbereitung der menschlichen Anatomie und wurde 1697 von Peter dem Großen besucht. Rachel hatte die Töpfe, darunter eine Vagina und einen Kinderkörper, mit Blumen und Spitzen dekoriert. Der Zar hat möglicherweise Felsen gesehen, die aus Nierensteinen bestehen. Rachel war eine ausgezeichnete Dekorateurin.

1693 heiratete sie den Porträtmaler Jurriaen Pool (1666-1745), mit dem sie zehn Kinder hatte. 1701 wurde Ruysch als erste Frau Mitglied der Malergruppe Confrerie Pictura in Den Haag.