Ruysch est née à La Haye mais a déménagé à Amsterdam à l'âge de trois ans lorsque son père, Frederik Ruysch, a été nommé à l'Athenaeum Illustre. Sa mère était une fille de Pieter Post, l'architecte et une nièce de Frans Post, le peintre brésilien . À l'âge de quinze ans, son père l'apprenti chez Willem van Aelst, un peintre de premier plan, connu pour ses natures mortes de fleurs. Sa sœur cadette Anna a également suivi une formation de peintre.

Le père Ruysch était maintenant un anatomiste et botaniste de premier plan, nommé en 1685 à l'Hortus Botanicus d'Amsterdam. Il était célèbre pour sa connaissance de la préparation de l'anatomie humaine et a été visité par Pierre le Grand en 1697. Rachel avait décoré les pots, y compris un vagin et le corps d'un enfant, avec des fleurs et de la dentelle. Le tsar a peut-être vu des roches constituées de calculs rénaux. Rachel était une excellente décoratrice.

En 1693, elle épouse le portraitiste Jurriaen Pool (1666-1745) avec qui elle a dix enfants. En 1701, Ruysch est devenue la première femme à devenir membre du groupe de peintres Confrerie Pictura à La Haye.