Ruysch werd geboren in Den Haag maar verhuisde op driejarige leeftijd naar Amsterdam toen haar vader, Frederik Ruysch, aan het Athenaeum Illustre werd benoemd. Haar moeder was een dochter van Pieter Post, de architect en een nicht van Frans Post, de Braziliaanse schilder. Haar vader stuurde haar op vijftienjarige leeftijd in de leer bij Willem van Aelst, een vooraanstaande schilder, bekend om zijn bloemstillevens. Haar jongere zuster Anna werd ook tot kunstschilder opgeleid.

Vader Ruysch was inmiddels een vooraanstaand anatoom en botanicus, die in 1685 werd aangesteld in de Hortus Botanicus Amsterdam. Hij was beroemd vanwege zijn kennis van het prepareren van menselijke anatomie en kreeg in 1697 bezoek van Peter de Grote. Rachel had de potten met onder andere een vagina en een kinderlijkje versierd met bloemen en kant. Mogelijk zag de tsaar rotspartijen bestaande uit nierstenen. Rachel was een uitstekend decorateur.

Zij trouwde in 1693 met de portretschilder Jurriaen Pool (1666-1745) met wie ze tien kinderen kreeg. In 1701 werd Ruysch als eerste vrouw lid van het schildersglde Confrerie Pictura in Den Haag.